三代试管婴儿是一项非常昂贵的技术，不仅包括了常规的体外受精费用，还涉及复杂的基因检测和实验室操作。这对很多家庭来说是一笔不小的经济负担。进一步说多次尝试可能进一步增加总花费。
2、胚胎损耗
在进行PGD或PGS过程中，部分胚胎可能会因检测而受损甚至死亡。这不仅减少了可移植胚胎的数量，也可能影响不同这个观点是的成功率。3、心理压力
对于参与这一过程的夫妻而言，他们需要承受巨大的心理压力。从准备阶段开始直到成功怀孕，每一个环节都充满了不确定性和焦虑感。尤其是当多次尝试未果时，这种情绪上的折磨会更加严重。4、操作复杂度高
与传统方式相比，三代试管涉及到更多步骤和技术手段，如卵子采集、精子处理、胚胎培养及基因检测等。
这些操作增加了失败的可能性，并且对医生的专业水平要求极高。5、遗传信息泄露风险
虽然大多数正规医疗机构都会严格保护患者隐私，但在实际操作中仍可能存在信息泄露的风险。一旦个人敏感资料被不当使用或传播出去，将会给当事人带来不必要的麻烦。6、伦理争议
随着科技的发展，人们对于人类生殖领域的探索越来越深入，但也引发了诸多伦理问题。例如选择性地淘汰某些携带特定基因突变的胚胎是否符合道德规范。如何平衡医学进步与尊重生命之间的关系。
7、健康风险
尽管三代试管婴儿技术可以有效降低某些遗传疾病的发生几率，但并不能完全消除所有风险。共时性地在整个治疗过程中，女性需要接受多次激素注射以促进排卵，这可能衍生出卵巢过度刺激综合症等副作用；男性也可能因为取精过程而感到不适。